Genomomfattende foreningsstudie identifiserer nye loci for type 2 diabetes-tilskrevet sluttstadium nyresykdom hos afroamerikanere
Mar 04, 2022
Meiji Guan1,2, Jacob M. Keaton1,2, Latchezar Dimitrov1,2, Pamela J. Hicks1,2, Jianzhao Xu1,2, Nicholette D. Palmer1,2,3, Lijun Ma4, Swapan K. Das5, Yii-Der I Chen6, Josef Coresh7, Myriam Fornage8, Nora Franceschini9, Holly Kramer10,11, Carl D. Langefeld12,13, Josyf C. Mychaleckyj14, Rulan S. Parekh15, Wendy S. Post7, Laura J. Rasmussen-Torvik146, Stephen S. Rich146, Stephen S. Rich , Jerome I. Rotter6,17, John R. Sedor18,19, Denyse Thornley-Brown20, Adrienne Tin7, James G. Wilson21, Barry I. Freedman4, Donald W. Bowden1,2,3, Maggie CY Ng1,2,3* og FINN Consortium
Abstrakt
Bakgrunn: Sluttstadiumnyresykdom(ESKD) er et betydelig folkehelseproblem som uforholdsmessig påvirker afroamerikanere (AA). Type 2 diabetes (T2D) er den ledende årsaken til ESKD i USA, og forsøk på å avdekke genetisk følsomhet for diabetisk nyresykdom (DKD) har hatt begrenset suksess. En tidligere genomomfattende assosiasjonsstudie (GWAS) i AA-er med T2D-ESKD ble utvidet med ytterligere AA-tilfeller og kontroller og genotyper tilskrevet referansepanelet med høyere tetthet 1000 Genomes. Funnanalysen inkluderte 3432 T2D-ESKD-tilfeller og 6977 ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller (N = 10,409), etterfulgt av en diskrimineringsanalyse i 2756 T2D-ikke-nefropatikontroller for å ekskludere T2D-assosierte varianter.
Resultater:Seks uavhengige varianter lokalisert i eller i nærheten avRND3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, ogAPOL1oppnådd signifikant assosiasjon over hele genomet (P <5×>−8) med T2D-ESKD. Etter utvidelsesanalyser i 1910ikke-diabetikerESKD-tilfeller og 908 ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller, en metaanalyse av 5342 AA ESKD-tilfeller av alle årsaker og 6977 AA-ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller avslørte et ytterligere nytt ESKD-lokus for alle årsaker kl.EFNB2(rs77113398;P = 9.84 × 10–9; ELLER=1.94). Utelukkelsen avAPOL1nyrerisiko genotypebærere identifiserte ytterligere to genomomfattende signifikante T2D-ESKD-assosierte loci vedGRAMD3ogMGAT4C. En annen variant klGNG7(rs373971520;P = 2.17 × 10–8, ELLER=1.46) forble assosiert med ESKD av alle årsaker iAPOL1-negativ analyse.
Konklusjoner:Funn gir ytterligere bevis for genetiske faktorer assosiert med avansert nyresykdom hos AA-er med T2D.
Nøkkelord:Afroamerikanere, genomomfattende assosiasjonsstudie, type 2 diabetes, diabetisk nyresykdom,Sluttstadium nyresykdom
For mer informasjon vennligst kontakt:emily.li@wecistanche.com
Introduksjon
Økende bevis tyder på at genetiske faktorer spiller en stor rolle i mottakelighet for sluttstadietnyresykdom(ESKD). Dette er spesielt relevant hos afroamerikanere (AAer) der forekomsten av ESKD er mer enn tre ganger høyere enn europeiske amerikanere (EAs) [1]. Dødeligheten for ESKD-, dialyse- og transplantasjonspasienter er henholdsvis 136, 166 og 30 per 1000 pasientår, og utgjør 7,2 prosent av Medicare-betalte skadeutgifter [1]. Diabetes, hvorav 95 prosent av pasientene har type 2 diabetes (T2D), er fortsatt den ledende rapporterte årsaken til ESKD i USA og står for >44 prosent av tilfellene [1]. Forbedringer i glykemisk, lipid- og blodtrykkskontroll har ikke redusert prevalensen av diabetikere markant.nyresykdom(DKD) [1, 2]. I tillegg er familiær aggregering av DKD uavhengig av sosioøkonomisk status og etablerte miljørisikofaktorer [3, 4]. Selv om G1- og G2-allelene i apolipoprotein L1-genet (APOL1) bidrar til 50–70 prosent av ikke-diabetisk ESKD i AA-er, forklarer de ikke fullt ut overrisikoen for T2D-tilskrevet ESKD (T2D-ESKD) i denne populasjonen [ 5–7].
Genomomfattende assosiasjonsstudier (GWAS) har identifisert > 70 genomomfattende signifikante varianter assosiert med kroniskenyresykdom(CKD), albuminuri eller nyrefunksjon i europeiske forfedrepopulasjoner [8–11]. Imidlertid var få loci assosiert med DKD i forskjellige populasjoner, og de replikerer ikke konsekvent, delvis på grunn av begrensede prøvestørrelser [12-18]. Etiologien til nyrekomplikasjoner hos pasienter med T2D er sannsynligvis mer heterogen enn hos pasienter med type 1 diabetes [16]. Derfor kreves nøye fenotyping og større utvalgsstørrelser for å forbedre statistisk kraft. For å utforske den genetiske arkitekturen til avansert nyresykdom i T2D, utvidet vi vår tidligere GWAS (2890 ESKD-pasienter og 1719 ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller) til et større utvalg av AA-er med alvorlignyresykdom. Assosiasjonsanalyser ble utført i seks uavhengige AA-kohorter (Wake Forest School of Medicine, WFSM; Family Investigation of Nephropathy and Diabetes, FIND; Atherosclerosis Risk in Communities Study, ARIC; Multi-Ethnic Study of Atherosclerosis, MESA; Jackson Heart Study, JHS; og koronararterierisikoutvikling hos unge voksne, CARDIA) for T2D-ESKD eller ikke-diabetisk ESKD gjennom en flertrinns studiedesign (fig. 1). Dette omfattet 15 075 AA klassifisert i fire fenotypiske grupper: T2D-ESKD-tilfeller (N=3432), ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller (N=6977), T2D-manglende nefropatikontroller (N {{16} }), og ikke-diabetiske ESKD-tilfeller (N=1910).
I oppdagelsesstadiet ble GWAS utført i 3432 T2D-ESKD-tilfeller og 6977 ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller, etterfulgt av en diskrimineringsanalyse for å ekskludere T2D-assosierte loci i 2756 T2D-ikke-nefropatikontroller. Forlengelsesanalyser ble utført i 1910 AA-er med ikke-diabetisk ESKD og 908 ikke-nefropatikontroller for å vurdere bidraget til T2D-ESKD-assosierte loci til ikke-diabetiskenyresykdom. En metaanalyse av diabetiske og ikke-diabetiske ESKD-tilfeller vurderte genetiske assosiasjoner i ESKD av alle årsaker. APOL1-tilknyttede former for ikke-diabetikerenyresykdomog T2D eksisterer ofte samtidig hos pasienter. Som sådan mange diabetespasienter mednyresykdomkan være feilklassifisert som å ha DKD, siden diagnostisknyrebiopsier utføres vanligvis ikke. Heri ble en andre GWAS-analyse som ekskluderte individer med APOL1 nyrerisikogenotyper utført for å minimere feilklassifisering av T2D-ESKD.
Resultater
Studieoversikt
Denne studien har > 80 prosent kraft til å oppdage vanlige varianter (MAF større enn eller lik 0,10) med moderat effekt (ELLER større enn eller lik 1,3) ved et signifikansnivå på 5 × 10−8 (http: //csg.sph.umich.edu/abecasis/ cats/). I alt syv genomomfattende signifikante loci (P<5× 10−8="" )="" associated="" with="" t2d-eskd="" were="" identified="" in="" either="" the="" baseline="" model="" (rnd3/rbm43,="" slitrk3,="" enpp7,="" gng7,="" and="" apol1)="" or="" apol1-negative="" model="" (enpp7,="" gramd3,="" and="" mgat4c).="" in="" addition="" to="" apol1,="" two="" loci,="" efnb2="" and="" gng7,="" also="" reached="" genome-wide="" significance="" in="" the="" all-cause="" eskd="" meta-analysis="" under="" either="" the="" baseline="" or="" apol1-negative="">
Kliniske kjennetegn ved studiedeltakere
Tabell 1 og 2 inkluderer detaljerte kjennetegn ved studiedeltakere. ESKD-tilfeller ble rekruttert fra WFSM-studiene (Affy6.0, Axiom og MEGA), FIND og ARIC. Personer med T2D-ESKD eller T2D-manglende nefropati var eldre (eller av lignende alder) sammenlignet med de ikke-diabetiske ikke-nefropatikontrollene ved rekruttering. Imidlertid var gjennomsnittsalderen ved diagnose av T2D i T2D-ESKD-tilfeller og T2D-manglende nefropatikontroller yngre enn ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller ved rekruttering. Alle T2D ikke-nefropatikontroller og ikke-diabetiske, ikke-nefropatikontroller hadde normal eGFR større enn eller lik 60 ml/min/1,73m2. I tillegg hadde ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller fastende glukosenivåer < 126="" mg/dl.="" kontroller="" med="" t2d-manglende="" nefropati="" var="" mer="" overvektige="" enn="" t2d-eskd="" eller="" ikke-diabetiske="" eskd-tilfeller="" og="" ikke-diabetiske,="" ikke-nefropatikontroller,="" bortsett="" fra="" at="" t2d-eskd-tilfeller="" i="" aric,="" var="" mer="" overvektige="" enn="" de="" andre="">
Trinn 1 og trinn 2 T2D-ESKD assosiasjonsanalyse
I stadium 1-funn ble GWAS utført separat i tre datasett: (1) 1513 T2D-ESKD-tilfeller og 5299 ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller genotypet på Affy6.0, bidratt av WFSM, FIND, ARIC, JHS, MESA og CARDIA (trinn 1a); (2) 1700 T2D-ESKD tilfeller og 770 ikke-diabetiske ikke-nefropati kontroller fra WFSM genotypet med Axiom Biobank genotyping array (trinn 1b); og (3) 219 T2D-ESKD-tilfeller og 908 ikke-diabetiske, ikke-nefropatikontroller fra WFSM genotypet på MEGA (stadium 1c). En metaanalyse (trinn 2) ble utført for å kombinere assosiasjonsresultater for 3432 T2D-ESKD-tilfeller og 6977 ikke-diabetiske, ikke-nefropatikontroller fra stadier 1a, 1b og 1c. En inflasjonsfaktor λ på 1,013 ble observert etter korrigering for genomisk kontroll (Tilleggsfil 1: Figur S1), noe som tyder på at populasjonsstruktur og kryptisk slektskap var tilstrekkelig justert. Blant varianter som viser suggestive assosiasjoner (P < 1="" ×="" 10−5),="" ble="" 59="" varianter="" med="" i2="" større="" enn="" eller="" lik="" 80="" prosent="" ekskludert="" på="" grunn="" av="" høy="" heterogenitet="" i="" effektstørrelser="" på="" tvers="" av="" studier.="" totalt="" 478="" gjenværende="" varianter="" ble="" vurdert="" i="" en="" diskrimineringsanalyse="" (81="" av="" dem="" oppnådde="" genomomfattende="" betydning;="" tilleggsfil="" 1:="" tabell="">
Trinn 3 diskrimineringsanalyse
For å bestemme om T2D-ESKD assosiasjonene identifisert i trinn 1 metaanalyse ble drevet av assosiasjon med T2D i seg selv, ble det utført en diskrimineringsanalyse for T2D som kontrasterte 2756 AAer med T2D-manglende nefropati med 6977 ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller fra trinn 1 (Affy6.0, Axiom, MEGA; tilleggsfil 1: Tabell S3). Vi ekskluderte deretter 174 av 478 T2D-ESK D-assosierte varianter nominelt assosiert med T2D i fravær av nefropati. Blant de gjenværende T2D-ESKD-assosiasjonene oppnådde toppvarianter som representerte 6 uavhengige foreninger genom-omfattende betydning (tabell 3, fig. 2a). Den sterkeste assosiasjonen ble observert for rs9622363 lokalisert ved APOL1 (P=1.42 × 10-10, ELLER=0.77, EAF=0.45). Denne varianten var i moderat koblingsulikvilibrium (r2=0.33 og 0.34, henholdsvis i YRI) med APOL1 G1-allelene (rs60910145, rs73885319) assosiert med ikke-diabetisk ESKD [6]. Den nest sterkeste assosiasjonen var ved rs58627064, en intergen variant lokalisert nær SLITRK3, (P=6.81 × 10−10, ELLER=1.62, EAF=0.06). To uavhengige signaler, rs142563193 (P=1.24 × 10−8 , OR=0.74, EAF=0.23) og rs142671759 (P=5.53 × 10 −9 , OR=2.26, EAF=0.02) på henholdsvis kromosom 17 lokalisert nær ENPP7, var også signifikante i hele genomet. I tillegg to assosiasjoner med T2D-ESKD, rs4807299 (P=3.21 × 10−8 , OR=1.67, EAF=0.05) lokalisert i GNG7 og rs72858591 (P=4.54 × 10−8, ELLER=1.43, EAF=0.10) lokalisert i RND3/RBM43 ble identifisert (fig. 1a).
Trinn 4 ikke-diabetisk ESKD-analyse og trinn 5 ESKD-metaanalyse av alle årsaker
Etter diskrimineringsstadiet ble 304 varianter som viste suggestiv assosiasjon med T2D-ESKD (P < 1="" ×="" 10−5)="" testet="" i="" 1910="" uavhengige="" ikke-diabetiske="" eskd-tilfeller="" og="" 908="" kontroller="" fra="" stadium="" 1c.="" målet="" med="" trinn="" 4-analysen="" var="" å="" evaluere="" bidraget="" til="" t2d-eskd-assosierte="" loci="" til="">nyresykdom. Etter å ha ekskludert varianter med heterogenitet I2 Større enn eller lik 80 prosent, var 25 varianter nominelt assosiert med ikke-diabetisk ESKD (P < 0,05).="" sterke="" assosiasjoner="" (1,27="" ×="" 10–29="">< p="">< 8.86="" ×="" 10–15)="" ble="" observert="" i="" apol1-myh9-regionen,="" noe="" som="" bekrefter="" deres="" rolle="" hos="">nyre sykdom. En ESKD-metaanalyse av alle årsaker, inkludert 5342 ESKD-kontroller av alle årsaker og 6977 ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller, ble utført for å evaluere generaliserbarheten til de 25 T2D-ESKD-assosierte variantene med bredere former for ESKD (trinn 5). Trettifem genomomfattende signifikante varianter på to loci ble funnet å være assosiert med ESKD av alle årsaker, inkludert 15 varianter innenfor eller nær EFNB2 og 20 varianter ved APOL1 (fig. 1b). Toppassosiasjonen i APOL1 var rs9622363 (P=1.96 × 10−25, OR=0.68, EAF=0.43), og toppsignalet nær EFNB2 var rs77113398 (P=9.84 × 10−9 , ELLER=1.94, EAF=0.023) (Tabell 4, Fig. 2b). Fire ytterligere uavhengige loki viste suggestiv assosiasjon (P <5 ×="" 10−6)="" med="" eskd="" av="" alle="" årsaker="" ved="" lpp,="" fstl5,="" oprk1/atpv1h="" og="" sybu/kcnv1="" (tabell="" 4,="" fig.="">
Assosiasjonsanalyse ekskludert APOL1 nyrerisiko-genotypebærere
En sekundær analyse ble utført som ekskluderte APOL1 nyrerisiko-genotypebærere i T2D-ESKD-tilfeller og ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller (APOL1-negativ modell) for å berike for T2D-assosiert ESKD. Grunnlinjemodellen viste en sterk assosiasjon av APOL1 og MYH9 med T2D-ESKD (tabell 3, fig. 1a), noe som tyder på at noen tilfeller kan ha blitt feilklassifisert og mer sannsynlig hadde ikke-diabetisk ESKD. Totalt 664 T2D-ESKD-tilfeller og 918 ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller ble ekskludert fra fase 1-analyse, og etterlot 2768 T2D-ESKD-tilfeller og 6059 kontroller i den APOL1-negative modellen. Nominelle assosiasjoner med T2D-ESKD (P < 1="" ×="" 10−5)="" ble="" observert="" med="" 522="" varianter="" (66="" av="" dem="" oppnådde="" genomomfattende="" betydning;="" tilleggsfil="" 1:="" tabell="" s2),="" og="" disse="" ble="" valgt="" for="" trinn="" 3="" diskrimineringsanalyse.="" to="" hundre="" og="" tjuetre="" varianter="" som="" hadde="" bevis="" på="" assosiasjon="" med="" t2d="" i="" seg="" selv="" (tilleggsfil="" 1:="" tabell="" s4)="" og="" 24="" varianter="" som="" viste="" sterk="" heterogenitet="" (i2="" større="" enn="" eller="" lik="" 80)="" i="" metaanalysen="" ble="" fjernet.="" blant="" de="" genomomfattende="" signifikante="" variantene="" identifisert="" i="" grunnlinjemodellen,="" viste="" rs142671759="" i="" enpp7="" (p="4.10" ×="" 10−8="" ,="" or="2.30," eaf="0.024)" en="" konsekvent="" assosiasjon="" med="" t2d-eskd="" i="" den="" apol1-negative="" modellen.="" ytterligere="" to="" varianter="" nådde="" genomomfattende="" betydning,="" rs75029938="" i="" gramd3="" (p="2.02" ×="" 10–9,="" or="1.89," eaf="0.042)" og="" rs17577888="" i="" mgat4c-regionen="" (p="3.87" ×="" 10−8,="" eller="0.67," eaf="0.087)" (tabell="" 5,="" fig.="">
Vi testet videre 275 suggestive T2D-ESKD-assosiasjoner som bestod diskriminering og hadde I2 < 80="" i="" 1019="" ytterligere="" aa="" ikke-diabetiske="" eskd-tilfeller="" som="" ekskluderte="" apol1="" nyrerisiko-genotypebærere.="" femten="" varianter="" viste="" nominelle="" bevis="" på="" assosiasjon="" med="" ikke-diabetisk="" eskd.="" disse="" ble="" deretter="" testet="" i="" en="" eskd-metaanalyse="" av="" alle="" årsaker,="" inkludert="" 3787="" eskd-tilfeller="" av="" alle="" årsaker="" og="" 6059="" ikke-diabetiske="" ikke-nefropatikontroller,="" hvorav="" bærere="" av="" apol1="" nyrerisiko-genotype="" ble="" ekskludert.="" en="" 2-baseparsletting="" i="" gng7,="" rs373971520="" (p="2.17" ×="" 10−8="" ,="" or="1.46," eaf="0.11)," oppnådd="" over="" hele="" genomet="" signifikant="" assosiasjon="" med="" eskd="" av="" alle="" årsaker="" (fig.="" 3b).="" ytterligere="" syv="" loki="" viste="" nominell="" assosiasjon="" med="" eskd="" av="" alle="" årsaker="" (p="">< 5="" ×="" 10−6="" ),="" inkludert="" lpp,="" alk/ypel5,="" mnx1-as1/ube3c,="" nup98,="" linc01075/linc00448,="" tmco5a="" og="" su1lf52/linc="" (tabell="" 6).="" de="" øverste="" assosiasjonene="" fra="" grunnlinjemodellen="" hadde="" moderat="" dempningsinsignifikans,="" til="" tross="" for="" de="" lignende="" effektstørrelsene,="" delvis="" på="" grunn="" av="" den="" reduserte="" prøvestørrelsen="" (tilleggsfil="" 1:="" tabell="" s5).="" i="" tillegg="" ble="" en="" tredje="" gwas="" utført="" med="" apol1="" inkludert="" som="" en="" kovariat="" i="" modellen="" (apo="" l1-justert="" modell)="" og="" sammenligne="" −log="" (p)="" verdier="" med="" baseline="" og="" apol1-negative="" modeller.="" en="" høy="" korrelasjon="" (personkorrelasjonskoeffisient="" r="0.95)" ble="" observert="" mellom="" apol1-justerte="" og="" apol1--="" negative="" modeller.="" resultatene="" av="" alle="" tre="" sammenligningene="" er="" inkludert="" i="" tilleggsdokumentasjonen="" (tilleggsfil="" 1:="" figur="">
Diskusjon
Vi rapporterer resultatene av en GWAS med høy tetthet som undersøker genetisk følsomhet for T2D-ESKD i 15 075 AA-er. Toppvarianter assosiert med T2D-ESKD ble deretter vurdert for assosiasjon med ikke-diabetisk ESKD, og en metaanalyse ble utført for å teste for deres generaliserbarhet til vanlige former for ESKD. Åtte uavhengige assosiasjoner i syv genetiske loki viste signifikant assosiasjon for hele genomet med T2D-ESKD i baseline- eller APOL1-negative modeller, inkludert RND 3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, APOL1, GRAMD3 og MGAT4C. I tillegg til APOL1 var to genomomfattende signifikante loci assosiert med ESKD, EFNB2 og GNG7 av alle årsaker. Videre viste 10 genetiske loci nominell assosiasjon med ESKD av alle årsaker (P < 5="" ×="" 10−6="" ),="" inkludert="" lpp,="" fstl5,="" oprk1/atp6v1h,="" sybu/kcnv1,="" alk/ypel5,="" mnx1-as1/ube3c,="" nup="" 98,="" linc01075/linc00448,="" tmco5a="" og="" sulf2/lin="">
Den mest signifikante assosiasjonen mellom T2D-ESKD (OR=0.77, P=1.42 × 10−10) og ESKD av alle årsaker (OR=0.69, P {{11 }}.96 × 10−25) i grunnlinjemodellen var en intronisk variant rs9622363 i APOL1-regionen assosiert med ikke-diabetikerenyre sykdomhos personer med afrikanske aner. Betingelse på APOL1 G1 og G2 allelene reduserer dens betydning dramatisk [6]. rs9622363 er rapportert å endre transkripsjonsfaktor (TF) bindingsmotiver (tilleggsfil 1: Tabell S6). I en fersk studie dannet rs9622363 og APOL1 G1 alleler en haplotype som oppnådde den sterkeste assosiasjonen med CKD hos nigerianere [19]. I motsetning til G1 eller G2, er hovedallelen i rs9622363 (G, EAF=0.57) assosiert med risikoen for CKD. Etter å ha ekskludert bærere av APOL1 nyrerisiko-genotype, ble assosiasjonen med rs9622363 svekket. Dette bekreftet at rs9622363 og APOL1 G1 og G2 alleler bidrar til det samme signalet. Identifikasjon av rs9622363 i grunnmodellen kan tyde på feilklassifisering av enkelte tilfeller som T2D-ESKD.
En intergen variant (rs72858591) lokalisert mellom et GTPase-proteingen RND3 og RBM43, som koder for RNA-bindende motivprotein 43, avslørte en genomomfattende signifikant assosiasjon med T2D-ESKD. Det er assosiert med TF-bindingsmotivendringer og overlapper med både promoter- og enhancerregioner (tilleggsfil 1: Tabell S6). En uavhengig intergen variant (rs7560163, r2=0.01, YRI) i denne regionen var tidligere assosiert med T2D i AA-er [20]. Derimot var rs72858591 ikke assosiert med T2D (P=0.073) i denne studien. Dette kan tyde på at to forskjellige sett med variasjoner i dette lokuset uavhengig bidrar til T2D og T2D-ESKD, en mulig pleiotropisk effekt. To uavhengige varianter (rs142563193 og rs142671759) som var genomomfattende betydelig assosiert med T2D-ESKD er lokalisert i nærheten av ENPP7. Disse variantene overlapper med enhancer- og promoterregioner, DNase-overfølsomme topper og/eller TF-bindingsmotiver (tilleggsfil 1: Tabell S6). Proteinet kodet av ENPP7 er en intestinal alkalisk sfingomyelinfosfodiesterase som omdanner sfingomyelin til ceramid og fosfokolin. ENPP7 påvirker angivelig kolesterolabsorpsjon [21], og en rekke studier tyder på at høydensitetslipoproteinkolesterolnivåer er risikofaktorer for CKD hos pasienter med diabetes [22–24].
To varianter lokalisert i GNG7 ble assosiert med enten T2D-ESKD (rs4807299; P=3.21 × 10−8 , grunnlinjemodell) eller ESKD av alle årsaker (rs373971520; P=2.17 × 10− 8; APOL1-negativ modell). Rs4807299 er assosiert med TF-bindingsmotivendringer og overlapper med både promoter- og enhancerregioner (tilleggsfil 1: Tabell S6). GNG7 koder for G Protein Subunit Gamma 7, involvert i sentralnervesystemets funksjon [25] og kreftrisiko [26, 27].
Siden afroamerikanere med diabetes og proteinuri ofte ikke får en diagnostisk nyrebiopsi, antas deres ESKD vanligvis å ha vært forårsaket av DKD. Men APOL1-assosiert ikke-diabetikernyresykdomkan være den sanne årsaken til nyresykdom hos mange slike pasienter. Analyser som ekskluderte APOL1 nyrerisiko-genotypebærere skapte en mer homogen casegruppe og ga en mulighet til å avdekke den genetiske arkitekturen til T2D-ESKD som er uavhengig av APOL1-effekten. I den APOL1-negative modellen, i tillegg til å replikere ENPP7 identifisert i grunnlinjemodellen, to nye loci
oppnådd signifikant assosiasjon for hele genomet med T2D ESKD: GRAMD3 (rs75029938; P=2.02 × 10−9 ) og MGA T4C (rs17577888; P=3.87 × 10−8 ). Funksjonell merknad antydet at begge variantene er samlokalisert med TF-bindende motiver. Rs75029938 kan falle inn i enhancer- og promoterregioner, og rs17577888 var assosiert med transkripsjonsoverflod av FLVCR1-genet i perifere blodmonocytter (P=6.41 × 10−6; tilleggsfil 1: Tabell S6). Genetisk variasjon i GRAMD3 har vært assosiert med fett i en multi-etnisk genomomfattende metaanalyse [28]. Tidligere studier tyder på at fedme er en viktig risikofaktor for DKD [29]. MGAT4C koder for Mannosyl (Alpha-1,3-)-Glycoprotein Beta-1,4-N-Acetylglucosaminyltransferase, isozym C, som deltar i overføringen av N-acetylglukosamin (GlcNAc) til kjernemannoserestene til N-koblede glykaner. Den potensielle involveringen av MGAT4C i DKD krever videre studier.
Denne analysen inkluderte en kohort av AA-er med ikke-diabetisk ESKD for å evaluere generaliserbarheten til T2D-ESKD-assosierte loci i vanlige former for CKD. Metaanalysen som kombinerte tilfeller med T2D-ESKD og ikke-diabetisk ESKD identifiserte to nye genomomfattende signifikante loci assosiert med ESKD av alle årsaker i tillegg til APOL1; rs77113398 nær EFNB2 (P=9.84 × 10−9; grunnlinjemodell) og rs373971520 i GNG7 (2.17 × 10−8; APOL1-negativ modell). Rs77113398 overlapper med enhancer, promoterregioner og DNase-topper (tilleggsfil 1: Tabell S6). Tidligere genomskanninger i AA-er identifiserte betydelig bevis for kobling til ESKD på kromosom 13q33 inkludert EFNB2-regionen i både diabetisk ESKD og ikke-diabetisk ESKD [30, 31]. En oppfølgingsstudie undersøkte 28 merkingsvarianter som spenner over 39 kilobaser (kb) av EFNB2-kodingsregionen, viste nominelle assosiasjoner mellom to varianter og ESKD av alle årsaker [32]. Disse rapporterte variantene var imidlertid ikke korrelert med rs77113398. Efrin-B2 (EFNB2) uttrykkes i det utviklende nefronet; interaksjoner mellom efrin-B2 og dets reseptorer spiller en viktig rolle i glomerulær mikrovaskulær samling [33]. I tillegg beskytter ephrin-B2 revers signalering mot peritubulær kapillær sjeldne ved å regulere angiogenese og vaskulær stabilitet undernyreskade[34]. Ephrin-B1 samlokaliserer også med CD2-assosiert protein (CD2AP) og nefrin ved podocyttspaltens diafragma og spiller en viktig rolle i å opprettholde barrierefunksjonen ved spaltemembranen [35]. Ephrin B4-reseptorkinase-transgene mus utvikler glomerulopati, manifestert av fusjonerte afferente og efferente arterioler som omgår glomeruli [36]. Dermed støtter flere bevislinjer den potensielle EFNB2-assosiasjonen med CKD, og det er den mest lovende årsaksgenets underliggende assosiasjon til rs77113398.
Denne studien har styrker og begrensninger. Selv om flertrinnsstudiedesignet var godt drevet inkludert 15 075 AA-er, manglet det replikering av T2D-ESKD-assosiasjoner, spesielt for sjeldne varianter. Videre viste flere genomomfattende signifikante signaler signifikant forskjellige effektstørrelser på tvers av stadier, noe som sannsynligvis kan tilskrives prøvestørrelsesforskjeller på tvers av stadier, og en konsekvens av "vinnerens forbannelse", et fenomen som beskriver at den sanne genetiske effektstørrelsen er overvurdert pga. det første positive funnet. Fremtidig replikering er nødvendig for å bekrefte disse funnene. Det er få andre eksisterende samlinger med passende prøver i AA-er; denne begrensede replikeringsinnsatsen. Dessuten er det vanskelig å ekskludere alle individer som er feilklassifisert med DKD på grunn av den hyppige mangelen på nyrebiopsier. Derfor ekskluderte vi nøye prøver med ESKD tilskrevet ikke-diabetiske etiologier basert på kliniske fenotyper og ekskluderte deretter APOL1 nyrerisiko-genotypebærere med høy risiko for ikke-diabetisk ESKD. Dette bør minimere feilklassifisering.
Konklusjon
Avslutningsvis ble det utført en GWAS i AA-er med T2D-ESKD og syv genetiske loci viste signifikante bevis for tilknytning til hele genomet, inkludert RND3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, APOL1, GRAMD3 og MGAT4C. Utover APOL1 var EFNB2 og GNG7 også assosiert med ikke-diabetisk ESKD og avslørte en genomomfattende signifikant assosiasjon med ESKD av alle årsaker. Fremtidige undersøkelser inkludert genetisk replikasjon og eksperimentell validering av disse nylig identifiserte assosiasjonene er nødvendig for å vurdere deres potensielle innvirkning på de biologiske prosessene som fører til avansert DKD i populasjoner med nyere afrikanske aner.
Metoder
Studiedeltakere
Studiedeltakere ble rekruttert av Wake Forest School of Medicine (WFSM; N=8052), Family Investigation of Nephropathy and Diabetes (FIND; N=926), Jack son Heart Study (JHS; N {{2) }}), studie av ateroskleroserisiko i fellesskap (ARIC; N=2221), risikoutvikling for kranspulsårer hos unge voksne (CARDIA; N=912), og multietnisk studie av aterosklerose (MESA; N { {6}}). Analyser ble godkjent av lokale institusjonelle vurderingsråd, og alle deltakerne ga skriftlig informert samtykke. Tilfeller ble ansett for å ha T2D-ESKD, inkludert alvorlig DKD, når diabetes ble diagnostisert mer enn eller lik 5 år før utbruddet av ESKD eller med diabetisk retinopati for å sikre tilstrekkelig T2D-varighet, med nyreerstatningsterapi, estimert glomerulær filtrasjonshastighet ( eGFR) Mindre enn eller lik 30 ml/min/1,73 m2 (CKD4), eller urinalbumin til kreatinin-forhold (UACR) Større enn eller lik 300 mg/g (makroalbuminuri). Deltakere med CKD4 eller makroalbuminuri (N=138) ble inkludert som tilfeller på grunn av deres høye risiko for å utvikle ESKD. T2D ble diagnostisert i henhold til American Diabetes Association-kriterier med en fastende blodsukker større enn eller lik 126 mg/dl, 2-t oral glukosetoleransetest glukose større enn eller lik 200 mg/dl, tilfeldig glukose større enn eller lik 200 mg/dl, bruk av diabetesmedisiner eller legediagnostisert diabetes. Tilfeller med ikke-diabetisk ESKD manglet diabetes (eller hadde T2D i < 5="" år)="" ved="" oppstart="" av="" nyreerstatningsterapi,="" og="" eskd="" ble="" tilskrevet="" kronisk="" glomerulær="" sykdom="" (f.eks.="" fokal="" segmentell="" glomerulosklerose),="" hiv-assosiert="" nefropati,="" hypertensjon="" eller="" ukjent="" årsaken.="" pasienter="" med="" eskd="" tilskrevet="" kirurgiske="" eller="" urologiske="" årsaker,="">nyresykdom, autoimmun sykdom, hepatitt, IgA nefropati, membranøs glomerulonefritt, membranproliferativ glomerulonefritt eller monogennyresykdommerble ekskludert. Ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller inkluderte deltakere uten diabetes ellernyre sykdom(eGFR større enn eller lik 60 ml/min/ 1,73 m2 og UACR < 30="" mg/g).="" personer="" med="" t2d-manglende="" nefropati="" hadde="" egfr="" større="" enn="" eller="" lik="" 60="" ml/min/1,73="" m2="" og="" uacr="">< 30="">
Prøveforberedelse, genotyping, imputering og kvalitetskontroll
Studiedeltakerne ble genotypet for hele genomet ved bruk av tre forskjellige plattformer: (1) 8704 prøver rekruttert fra WFSM, ARIC, CARDIA, JHS, MESA og FIND ble genotypet på Affymetrix Genome-wide Human enkeltnukleotidpolymorfisme (SNP) array 6.0 (Affy6.0); (2) 3133 prøver rekruttert fra WFSM ble genotypet på Affymetrix Axiom Biobank Genotyping Array (Axiom); og (3) 3238 prøver rekruttert fra WFSM ble genotypet på Illumina Multi-Ethnic Genotyping Array (MEGA). Kvalitetskontroll og imputering ble utført separat av hver genotypeplattform som beskrevet nedenfor.
Varianter som besto kvalitetskontroll (QC) ble tilskrevet et kombinert haplotypereferansepanel inkludert 1000 Genomes fase 3 kosmopolitiske referansepanelet (oktober 2014-versjon) [37] og en versjon av referansepanelet for African Genome Variation Project (AGVP) inkludert 640 Afrikanske aner haplotyper vennlig gitt av det afrikanske partnerskapet forForskning om kroniske sykdommerog Wellcome Trust Sanger Institute [38]. Pre-fasing ble utført ved bruk av SHAPEIT2 [39], og imputering ble utført ved bruk av IMPUTE2 [40]. Etterimputasjon QC ble utført for å ekskludere varianter med allelmismatch eller med stor frekvensavvik (større enn eller lik 0.2) med referansepanelet (0.2 × frekvens i EUR pluss {{ 13}},8 × frekvens i AFR) og imputasjonsinformasjonsscore < 0,4.="" et="" undersett="" av="" prøver="" ble="" direkte="" genotypet="" for="" apol1="" g1-="" og="" g2-varianter="" ved="" bruk="" av="" sequenom="" (sequenom,="" san="" diego,="" ca).="" konkordansen="" var="" 95="" prosent="" med="" imputerte="">
Affy6.0 datasett
Som beskrevet tidligere [41], ble 1513 T2D-ESKD-tilfeller, 5299 ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller og 1892 T2D-ikke-nefropatikontroller fra WFSM-, FIND-, JHS-, ARIC-, CARDIA- og MESA-kohorter genotypet ved hjelp av Affy6.{{ 11}} (tabell 1). I hver studie ble standard QC-mål brukt for å ekskludere varianter med samtalefrekvens < 95="" prosent="" ,="" mindre="" allelefrekvens="" (maf)="">< 0.01,="" eller="" viser="" avgang="" fra="" hardy-weinberg="" equilibrium="" (hwe)="" (p="">< 0,0001).="" prøve-qc="" ble="" utført="" for="" å="" ekskludere="" forsøkspersoner="" med="" samtalefrekvenser="">< 95="" prosent,="" dna-kontaminering,="" duplikater="" eller="" populasjonsavvik.="" gitt="" at="" cardia,="" jhs="" og="" mesa="" manglet="" tilfeller="" med="" t2d-eskd,="" ble="" prøver="" fra="" disse="" studiene="" kombinert="" for="" imputasjons-="" og="" assosiasjonsanalyser="" sammen="" med="" wfsm,="" find="" og="">
Axiom datasett
Ved WFSM ble 1700 AA-tilfeller med T2D-ESKD, 770 AA-kontroller uten diabetes eller nefropati, og 663 AA-kontroller med T2D som manglet nefropati, genotypet på en tilpasset Axiom-genotyping-array (tabell 2). Detaljert variantinformasjon, tilpasset innholdsdesign, inkludert finkartlegging av kandidatregioner, genotypingsmetoder og QC ble tidligere rapportert [42]. Kort fortalt inkluderte denne matrisen omtrent 264K kodevarianter og innsettinger/slettinger (indeler), 70K taps-av-funksjonsvarianter, 2K farmakogenomiske varianter, 23K eQTL-markører, 246K multi-etniske populasjonsbaserte genomomfattende tag-markører og 115K tilpassede innholdsmarkører. Varianter med ringetakster < 95="" prosent,="" avgang="" fra="" hwe="" (p="">< 0,0001),="" og="" monomorfe="" varianter="" ble="" ekskludert.="" totalt="" ble="" 724="" 530="" varianter="" kalt="" for="" nedstrøms="" qc,="" imputering="" og="" analyser.="" prøve-qc="" ble="" utført="" for="" å="" ekskludere="" personer="" med="" lave="" ringetakster="">< 95%),="" gender="" discordance,="" dna="" contamination,="" duplication,="" or="" population="">
MEGA datasett
Ved WFSM ble 191 0 ikke-diabetiske ESKD-tilfeller, 219 T2D ESKD-tilfeller, 201 kontroller med T2D som mangler nefropati, og 908 ikke-diabetiske ikke-nefropati-kontroller genotypet på MEGA-matrisen (tabell 2). Denne matrisen ble designet for å forbedre finkartlegging og funksjonell oppdagelse ved å øke variantdekningen på tvers av flere etnisiteter. Arrayen inkluderer (1) ryggradsinnhold som inneholder svært informative varianter for GWAS og exome-analyser i forfedres mangfoldige populasjoner og (2) tilpasset innhold som brukes til å replikere eller generalisere indeksere GWAS-assosiasjoner, forsterke GWAS-tagging-varianter i prioriterte regioner, forbedre exome-innhold i prioriterte regioner , finkart GWAS loci, identifisere funksjonelle regulatoriske varianter, utforske medisinsk viktige varianter og identifisere nye variant loci i kandidatveier [43]. Genotyping ble utført ved WFSM. DNA fra tilfeller og kontroller ble flettet sammen på 96-brønnplater for å minimalisere artefaktiske feil under prøvebehandlingen. Totalt 48 prøver sekvensert som en del av 1000 Genomes Project [44] ved Coriell Institute for Medical Research ble inkludert i genotyping og hadde en konkordansrate på 98,57 prosent. Genotypekall ble utført ved bruk av Genome Studio (Illumina, CA, USA). Varianter med manglende posisjon, manglende allel, allelmismatch, samtalefrekvens < 95="" prosent,="" avgang="" fra="" hwe="" (p="">< 0,0001),="" frekvensforskjell=""> 0,2 sammenlignet med 1000 Genome Project fase 3 referansepanel og monomorfe varianter ble fjernet. Flere sondesett ble sammenlignet, og bare det med høyest anropshastighet ble beholdt. Totalt 1 705 970 varianter ble kalt for nedstrøms QC, imputering og analyser. Prøve-QC ble utført for å ekskludere personer med lav samtalehastighet (< 95%),="" gender="" discordance,="" dna="" contamination,="" duplication,="" or="" population="" outliers.="" dna="" swapping="" was="" identified="" and="">
Statistisk analyse
Oppdagelsesstadiet
Vi brukte et flertrinns studiedesign for å identifisere varianter assosiert med T2D-ESKD og deres potensielle rolle i ESKD av alle årsaker. I oppdagelsesstadiet ble 3432 T2D-ESKD-tilfeller og 6977 ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller fra alle tre datasettene inkludert (fig. 1). Assosiasjonsanalyse ble utført for hvert datasett ved bruk av en logistisk blandet modellmetode implementert i programmet GMMAT [45] under en additiv genetisk modell. Denne metoden kontrollerer populasjonsstruktur og kryptisk slektskap ved å inkludere en genetisk relasjonsmatrise (GRM) estimert fra et sett av høykvalitets autosomale varianter som en tilfeldig effekt. Hovedkomponentanalysen ble utført ved bruk av EIGENSOFT [46] for hver genotypeplattform. Den første egenvektoren (PC1) sammen med alder og kjønn ble brukt som kovariater. En meta-analyse ble utført i de tre datasettene ved bruk av en fast-effekt invers variansvektingsmetode implementert i METAL [47]. Suggestive assosiasjoner for T2D-ESKD med P < 1="" ×="" 10−5="" ,="" mindre="" alleltelling="" (mac)=""> 400 og heterogenitet I2 < 80="" ble="" valgt="" for="">
Diskrimineringsstadiet
For å bestemme om antatte T2D-ESKD-assosierte loki i oppdagelsesstadiet ble drevet av assosiasjoner med T2D i seg selv, en metaanalyse som kombinerte 2756 AA-er med T2D-manglende nefropati og 6977 ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller fra de tre datasettene (Affy6 .0, Axiom og MEGA) ble utført (trinn 3, fig. 1). Varianter som viser nominell assosiasjon (P < 0.05)="" med="" t2d="" ble="" ekskludert="" for="" å="" fjerne="" t2d-assosierte="">
Utvidelsesanalyse av ikke-diabetisk ESKD og metaanalyse av ESKD av alle årsaker
Genetiske varianter som viser suggestiv assosiasjon med T2D-ESKD (P < 1 × 10−5 ), men ikke assosiert med T2D, ble undersøkt i en ikke-diabetisk ESKD-kohort inkludert 1910 ikke-diabetiske ESKD-tilfeller og 908 ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller fra WFSM-MEGA datasett for assosiasjon med ikke-diabetiske etiologier avnyresykdom(trinn 4). Varianter som viser nominell assosiasjon (P < 0.05)="" ble="" testet="" i="" en="" metaanalyse="" av="" eskd="" av="" alle="" årsaker="" ved="" bruk="" av="" alle="" t2d-eskd,="" ikke-diabetiske="" eskd="" og="" kontroller="" fra="" de="" tre="" datasettene="" (="" n="12,319," affy6.0,="" axiom,="" mega)="" (fig.="" 1).="" denne="" metaanalysen="" evaluerte="" om="" t2d-eskd="" assosiasjoner="" bidro="" til="" risikoen="" for="" eskd="" av="" alle="" årsaker.="" vi="" så="" også="" opp="" de="" beste="" nyresykdomsassosierte="" variantene="" våre="" for="" antatt="" assosiasjon="" med="" t2d="" i="" aa-er="" fra="" media-konsortiet="" (n="15" 043="" tilfeller="" og="" 22="" 318="" kontroller);="" snp-er="" med="" p="">< 0,05="" etter="" flere="" sammenligningskorreksjoner="" ble="">
Ekskludering av APOL1 risiko genotype bærere
APOL1 G1 og G2 allelene bidrar til risikoen forikke-diabetisk nyresykdom[6, 48]. For å minimere feilklassifisering av T2D-ESKD, ble en andre analyse utført som ekskluderte APOL1-bærere med to nyrerisikovarianter og de med manglende APOL1-genotyper fra T2D ESKD-tilfeller og ikke-diabetiske ikke-nefropatikontroller (APOL1-negativ modell) ). Denne analysen reduserte heterogeniteten til populasjonen til tross for at prøvestørrelsen ble redusert og den hadde lavere statistisk kraft. Nærmere bestemt 308 T2D-ESKD-tilfeller og 630 kontroller fra Affy6.0-datasettene, 323 T2D-ESKD-tilfeller og 113 kontroller fra Axiom-datasettet, og 33 T2D-ESKD-tilfeller og 175 kontroller fra MEGA-datasettet ble fjernet. I tillegg fjernet vi 891 av alle 1910 ESKD-sakene. Denne analysen kan avsløre effekten av andre ikke-diabetiske ESKD-loki utover APOL1. Individer ble ansett som bærere av APOL1-nyrerisikovariant hvis de bar to G1-alleler (rs60910145 G-allel, rs73885319 G-allel), to G2-alleler (rs143830837, 6-basepar i-ramme-sletting), eller var sammensatte G1- og én (en sammensatt heterozygot) G2 allel) [6].
Funksjonell karakterisering
Proxyer av genomomfattende signifikante T2D-ESKD-assosierte varianter (r2 Større enn eller lik 0.7 i 1000 Genomes AFR-populasjon) fra baseline og APOL1-negative modeller ble valgt ved bruk av LDlink [49 ]. Hovedvariantene og proxyene ble deretter spurt etter funksjonelle merknader fra HaploReg [50], som inkluderte kromatintilstand og proteinbindingsannotering fra Roadmap Epigenomics [51] og ENCODE-prosjektene [52], sekvenskonservering på tvers av pattedyr, effekten av varianter på regulatorisk motiver og genuttrykk fra QTL-studier.
Cistanche deserticola forebygger nyresykdom, klikk her for å få prøven
Referanser
1. USAs nyredatasystem. 2016 USRDS årlige datarapport: Epidemiologi av nyresykdom i USA. National Institutes of Health, National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases, Bethesda, MD, 2016.
2. de Boer IH, Rue TC, Hall YN, et al. Temporelle trender i forekomsten av diabetisk nyresykdom i USA. JAMA. 2011;305:2532–9.
3. Spray BJ, Atassi NG, Tuttle AB, et al. Familiær risiko, alder ved debut og årsak til nyresykdom i sluttstadiet hos hvite amerikanere. J Am Soc Nephrol. 1995;5: 1806–10.
4. Freedman BI, Tuttle AB, Spray BJ. Familiær disposisjon for nefropati hos afroamerikanere med ikke-insulinavhengig diabetes mellitus. Am J Kidney Dis. 1995;25:710–3.
5. Tzur S, Rosset S, Shemer R, et al. Missense-mutasjoner i APOL1. Hum Genet. 2010;128:345–50.
6. Genovese G, Friedman DJ, Ross MD, et al. Forening av trypanolytiske ApoL1-varianter med nyresykdom hos afroamerikanere. Vitenskap. 2010;329:841–5.
7. Kopp JB, Nelson GW, Sampath K, et al. APOL1 genetiske varianter i fokal segmentell glomerulosklerose og HIV-assosiert nefropati. JASON. 2011; 22:2129–37.
8. Kottgen A, Pattaro C, Boger CA, et al. Flere nye loci assosiert med nyrefunksjon og kronisk nyresykdom: CKDGen-konsortiet. Nat Genet. 2010;42:376–84.
9. Pattaro C, Kottgen A, Teumer A, et al. Genomomfattende assosiasjon og funksjonell oppfølging avslører nye loci for nyrefunksjon. PLoS Genet; 8. Epub i forkant av trykk mars 2012. https://doi.org/10.1371/journal.pgen. 1002584.
10. Pattaro C, Teumer A, Gorski M, et al. Genetiske assosiasjoner ved 53 loci fremhever celletyper og biologiske veier som er relevante for nyrefunksjonen. Nat Commun. 2016;7:10023.
11. Tin A, Colantuoni E, Boerwinkle E, et al. Bruk av flere mål for kvantitative egenskaper assosiasjonsanalyser: anvendelse på estimert glomerulær filtrasjonshastighet (eGFR). J Hum Genet. 2013;58:461–6.
12. Maeda S. Genomomfattende søk etter mottakelighetsgen for diabetisk nefropati ved genbasert SNP. Diabetes Res Clin Practice. 2004;66:S45–7.
13. Pezzolesi MG, Poznik GD, Mychaleckyj JC, et al. Genomomfattende assosiasjonsskanning for følsomhetsgener for diabetisk nefropati ved type 1 diabetes. Diabetes. 2009;58:1403–10.
14. McDonough CW, Palmer ND, Hicks PJ, et al. En genomomfattende assosiasjonsstudie for diabetiske nefropatigener hos afroamerikanere. Nyre Int. 2011;79:563–72.
15. Sandholm N, Salem RM, McKnight AJ, et al. Nye mottakelighetssteder assosiert med nyresykdom ved type 1 diabetes. PLoS Genet. 8. Epub i forkant av trykk september 2012. https://doi.org/10.1371/journal.pgen. 1002921.
16. Sandholm N, Zuydam NV, Ahlqvist E, et al. Det genetiske landskapet av nyrekomplikasjoner ved type 1 diabetes. JASN. 2017;28:557–74.
17. Iyengar SK, Sedor JR, Freedman BI, et al. Genomomfattende assosiasjon og transetnisk metaanalyse for avansert diabetisk nyresykdom: Family Investigation of Nephropathy and Diabetes (FIND). PLoS Genet. 2015;11:e1005352.
18. Mahajan A, Rodan AR, Le TH, et al. Transetnisk finkartlegging fremhever nyrefunksjonsgener knyttet til saltfølsomhet. Am J Hum Genet. 2016;99:636–46.
19. Tayo BO, Kramer H, Salako BL, et al. Genetisk variasjon i APOL1- og MYH9-gener er assosiert med kronisk nyresykdom blant nigerianere. Int Urol Nephrol. 2013;45:485–94.
20. Palmer ND, McDonough CW, Hicks PJ, et al. Et genomomfattende foreningssøk etter type 2-diabetesgener hos afroamerikanere. PLoS One. 2012; 7:e29202.
21. Zhang P, Chen Y, Cheng Y, et al. Alkalisk sfingomyelinase (NPP7) fremmer kolesterolabsorpsjon ved å påvirke sfingomyelinnivået i tarmen: en studie med NPP7 knockout-mus. Am J Physiol Gastrointest Lever Physiol. 2014;306:G903–8.
22. Chang YH, Chang DM, Lin KC, et al. Høydensitetslipoproteinkolesterol og risikoen for nefropati hos type 2-diabetespasienter. Nutr Metab Cardiovasc Dis. 2013;23:751–7.
23. Williams AN, Conway BN. Effekt av høydensitetslipoproteinkolesterol på forholdet mellom serumjern og hemoglobin med nyrefunksjon ved diabetes. J Diabetes Complicat Epub før trykk 29. mars 2017.
24. Ceriello A, De Cosmo S, Rossi MC, et al. Variasjon i HbA1c, blodtrykk, lipidparametre og serumurinsyre og risiko for utvikling av kronisk nyresykdom ved type 2 diabetes. Diabetes Obes Metab Epub før trykk 21. april 2017.
25. Schwindinger WF, Betz KS, Giger KE, et al. Tap av G-protein gamma 7 endrer atferd og reduserer striatal alfa(olf)-nivå og cAMP-produksjon. J Biol Chem. 2003;278:6575–9.
26. Ohta M, Mimori K, Fukuyoshi Y, et al. Klinisk betydning av redusert ekspresjon av G-protein gamma 7 (GNG7) i øsofaguskreft. Br J Kreft. 2008;98:410–7.
27. Demokan S, Chuang AY, Chang X, et al. Identifikasjon av guaninnukleotidbindende protein -7 som et epigenetisk dempet gen i hode- og nakkekreft ved profilering av genuttrykk. Int J Oncol. 2013;42:1427–36.
28. Chu AY, Deng X, Fisher VA, et al. Multietnisk genomomfattende metaanalyse av ektopiske fettdepoter identifiserer loki assosiert med adipocyttutvikling og differensiering. Nat Genet. 2017;49:125–30.
29. Zoppini G, Targher G, Chonchol M, et al. Prediktorer for estimert GFR-nedgang hos pasienter med type 2 diabetes og bevart nyrefunksjon. CJASN. 2012;7:401–8.
30. Bowden DW, Colicigno CJ, Langefeld CD, et al. En genomskanning for diabetisk nefropati hos afroamerikanere. Nyre Int. 2004;66:1517–26.
31. Freedman BI, Bowden DW, Rich SS, et al. En genomskanning for nyresykdom av alle årsaker hos afroamerikanere. Nephrol-skivetransplantasjon. 2005;20:712–8.
32. Hicks PJ, Staten JL, Palmer ND, et al. Assosiasjonsanalyse av ephrin-B2-genet hos afroamerikanere med nyresykdom i sluttstadiet. Am J Nephrol. 2008;28:914–20.
33. Takahashi T, Takahashi K, Gerety S, et al. Temporalt kompartmentalisert uttrykk av ephrin-B2 under nyre glomerulær utvikling. JASN. 2001; 12:2673–82.
34. Kida Y, Ieronimakis N, Schrimpf C, et al. EphrinB2 omvendt signalering beskytter mot kapillær sjeldnehet og fibrose etter nyreskade. J Am Soc Nephrol. 2013;24:559–72.
35. Hashimoto T, Karasawa T, Saito A, et al. Ephrin-B1 lokaliserer seg ved spaltediafragmaen til den glomerulære podocytten. Nyre Int. 2007;72:954–64.
36. Andres AC, Munarini N, Djonov V, et al. EphB4 reseptor tyrosinkinase transgene mus utvikler glomerulopatier som minner om glomerulære vaskulære shunts. Mek Dev. 2003;120:511–6.
37. 1000 Genomes Project Consortium. En global referanse for menneskelig genetisk variasjon. Natur. 2015;526:68–74.
38. Gurdasani D, Carstensen T, Tekola-Ayele F, et al. Det afrikanske genomvariasjonsprosjektet former medisinsk genetikk i Afrika. Natur. 2015;517:327–32.
39. Delaneau O, Marchini J, Zagury JF. En lineær kompleksitetsfasemetode for tusenvis av genom. Nat-metoder. 2011;9:179–81.
40. Marchini J, Howie B, Myers S, et al. En ny flerpunktsmetode for genomomfattende assosiasjonsstudier ved imputering av genotyper. Nat Genet. 2007;39:906–13.
41. Ng MCY, Saxena R, Li J, et al. Overførbarhet og fin kartlegging av type 2 diabetes loci hos afroamerikanere: Candidate Gene Association Resource Plus Study. Diabetes. 2013;62:965–76.
42. Guan M, Ma J, Keaton JM, et al. Forening av nyrestrukturrelaterte genvarianter med type 2 diabetes-tilskrevet sluttstadium nyresykdom hos afroamerikanere. Hum Genet. 2016;135:1251–62.
43. Bien SA, Wojcik GL, Zubair N, et al. Strategier for å berike variantdekning i kandidatsykdomsloki på en multietnisk genotyping-array. PLoS One. 2016;11:e0167758.
44. 1000 Genomes Project Consortium. Et kart over menneskelig genomvariasjon fra sekvensering i populasjonsskala. Natur. 2010;467:1061–73.
45. Chen H, Wang C, Conomos MP, et al. kontroll for populasjonsstruktur og slektskap for binære egenskaper i genetiske assosiasjonsstudier via logistiske blandede modeller. Am J Hum Genet. 2016;98:653–66.
46. Patterson N, Price AL, Reich D. Befolkningsstruktur og egenanalyse. PLoS Genet. 2006;2:e190.
47. Willer CJ, Li Y, Abecasis GR. METALL: en rask og effektiv metaanalyse av genomomfattende assosiasjonsskanninger. Bioinformatikk. 2010;26:2190–1.
48. Freedman BI, Langefeld CD, Lu L, et al. Differensielle effekter av MYH9 og APOL1 risikovarianter på FRMD3 assosiasjon med diabetisk ESRD hos afroamerikanere. PLoS Genet. 2011;7:e1002150.
49. Machiela MJ, Chanock SJ. LDlink: en nettbasert applikasjon for å utforske populasjonsspesifikk haplotypestruktur og koble sammen korrelerte alleler av mulige funksjonelle varianter. Bioinformatikk. 2015;31:3555–7.
50. Ward LD, Kellis M. HaploReg: en ressurs for å utforske kromatintilstander, bevaring og regulatoriske motivendringer innenfor sett med genetisk koblede varianter. Nucleic Acids Res. 2012;40:D930–4.
51. Veikart Epigenomics Consortium. Kundaje a, Meuleman W, et al. integrativ analyse av 111 humane referanseepigenomer. Natur. 2015;518:317–30.
52. ENCODE-prosjektkonsortiet. Et integrert leksikon av DNA-elementer i det menneskelige genom. Natur. 2012;489:57–74.
