Urinviromforstyrrelser ved nyretransplantasjon

Kontakt: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 E-post:audrey.hu@wecistanche.com

Tara K. Sigdel et al

Det menneskelige mikrobiomet er viktig for helsen og spiller en rolle i essensielle metabolske funksjoner og beskyttelse mot visse patogener. Omvendt ses dysbiose av mikrobiomet i sammenheng med ulike sykdommer. Nyere studier har fremhevet at et komplekst mikrobielt samfunn som inneholder hundrevis av bakterier koloniserer de sunne urinveiene, men lite er kjent om menneskelige urinvirus i helse og sykdom. For å evaluere menneskets urinvirom i sammenheng mednyretransplantasjon (tx), variasjoner i sammensetningen av urinviromet ble evaluert i urinprøver fra normale friske frivillige samt pasienter mednyresykdometter at de hadde gjennomgått nyre-tx. Væskekromatografi-massespektrometri/massespektrometri-analyse ble utført på en valgt kohort på 142nyrertx pasienter og normale friske kontroller, fra en større biobank på 770nyrebiopsi-matchede urinprøver. I tillegg til analyse av normal sunn kontrollurin, kohorten avnyretx-pasienter hadde biopsibekreftet fenotypeklassifisering, sammenfallende med urinprøven som ble analysert, av stabile transplantater (STA), akutt avstøtning, BK-virusnefritt og kronisk allograftnefropati. Vi identifiserte 37 unike virus, hvorav 29 blir identifisert for første gang i urinprøver fra mennesker. Sammensetningen av det menneskelige urinviromet er forskjellig i helse- og nyreskade, og distribusjonen av virale proteiner i urinveiene kan bli ytterligere påvirket av IS-eksponering, kosthold og miljømessig, kostholds- eller hudeksponering for ulike insektmidler og plantevernmidler.

Nøkkelord: nyretransplantasjon, virom, urin, proteomikk, biomarkører

Cistanche tubulosa forhindrer nyresykdom, klikk her for å få prøven

INTRODUKSJON

Det menneskelige mikrobiomet har blitt studert omfattende i forskjellige biovæsker, som blod (1), urin (2–4), spytt (5, 6), cerebrospinalvæske (7) og bronkoalveolær lavage (8, 9), for dets påvirkning om menneskers helse og sykdom (10). Flere rapporter om vurdering av mikrobiomer i ulike områder av menneskekroppen er rapportert, inkludert lunge og tarm (11–15). Imidlertid er det bare lite kjent om urinmikrobiomet og dets endringer i sammenheng med nyreskade etter nyretransplantasjon (tx) (16, 17). De fleste humane mikrobiomstudier har kartlagt 16S rRNA for bakteriell profilering (18), og det er bare en liten mengde data som undersøker urinviromet (19, 20), og en enkelt publisert studie har brukt neste generasjons sekvensering for å kartlegge virale genomiske komponenter i urinen til nyretransplanterte pasienter (19).

Dysbiose av mikrobiomet er assosiert med flere sykdommer som inflammatorisk tarmsykdom, tykktarmskreft, overvekt og lungesykdom (21–25), men lite er kjent om endringer av viromet i menneskelige kroppsvæsker, som spytt, bronkoalveolær skylling, og urin. Det er anerkjent at ulike komponenter i mikrobiomet utfører essensielle funksjoner, inkludert biosyntese av kofaktorer og vitaminer, metabolisme av essensielle forbindelser og barrierebeskyttelse mot patogener (26–28). Lignende dysbiotiske og beskyttende funksjoner kan også tilskrives urinviromet; derfor er det viktig å fastslå sammensetningen av det menneskelige viromet i helse og sykdom. For formålet med denne studien valgte vi å utføre disse studiene i urin i helse og i sammenheng med IS-eksponering etter nyre-tx, under stabil nyrefunksjon og i sammenheng med nyre-tx-skade. Fokuset for studien var å evaluere repertoaret av virus som bestemt av peptidene som er tilstede i menneskelig urin og deres forstyrrelser etter IS-eksponering og ulike årsaker til akutt, kronisk og infeksiøs nyreskade.

Mikrobiomet endres over tid og korrelerer med organismens mangfold. Mikrobiomanalyse kan segregeres i både strukturell analyse basert på operasjonelle taksonomiske enheter basert på sekvensfylogeni, og funksjonell analyse basert på metagenomisk sekvensering og proteomikk (29, 30). Identifisert mikrobiota i forskjellige sykdommer kan studeres videre ved dyrking, funksjonell metagenomikk og multipleksert immunfluorescens og in situ hybridisering. NIH-prosjektet for menneskelig mikrobiom har publisert det menneskelige mikrobiomet på 15 kroppssteder fra 300 individer (31).

BEHANDLING AV NYRESYKDOM: CISTANCHE

MATERIALER OG METODER

Totalt 142 unike prøver ble evaluert fra et biodepot som inneholder 2016 samlet inn av IRB-godkjent informert samtykke fra prøver fra voksne og pediatriske fra nyre-tx-programmene ved Stanford University og University of California San Francisco, mellom urinprøver hvorav 770 ble ledsaget av matchet nyre tx-boks med sentralisert patologisk histologiavlesning og avdelingsskår ved bruk av det standardiserte Banff-skjemaet (32) for scoring av nyre-tx etter skade (figur 1). Studien ble godkjent av The Human Research Protection Program ved University of California, San Francisco. Urinprøvene ble fenotypebestemt basert på matchet nyre-bx-patologi i fem grupper: sunn kontroll (HC; n=9), stabil graft (STA; n=40), akutt avstøtning (AR; n {{ 7}}), kronisk allograftnefropati (CAN; n=39) ​​og BK-virusnefritt (BKVN; n=17). Urin ble sentrifugert 2,000 × g ved 4 grader i 20 minutter for å bli kvitt urinsedimenter. Supernatanten ble ført gjennom en filtermembran på 10 kDa for å fjerne native peptider fra intakte proteiner større enn 10 kDa i størrelse. Det totale proteinet ble deretter trypsinfordøyd og de resulterende tryptiske peptidene ble analysert av LC-MS-plattformen (Orbitrap Velos MS). De detaljerte metodene for proteinfremstilling og analyser er rapportert andre steder (33).

MSGF pluss tilpasset algoritme generert av gruppen vår (https://omics.pnl.gov/software/ms-gf), ble brukt til å søke MS/MS-spektra mot den kombinerte humane proteinsekvensdatabasen og NCBI-virusdatabasen. Peptider ble opprinnelig identifisert fra databasesøk ved å bruke følgende kriterier: MSGF-spektrum E-verdi (en sannsynlighetsverdi for peptidet til MS/MS-spekteret samsvarer med den lavere verdien, desto høyere sannsynlighet for å være et korrekt samsvar)<10-10, peptide="" level="" q-value="" (false="" discovery="" rate="" estimated="" by="" targeted-decoy="" database="" search)="" to="" be=""><0.01, and="" mass="" measurement="" error=""><10 ppm="" (±5="" ppm).="" the="" decoy="" database="" searching="" methodology="" was="" used="" to="" confirm="" the="" final="" false="" discovery="" rate="" at="" the="" unique="" peptide="" level="" to="" be=""><1%. due="" to="" the="" anticipated="" higher="" false="" discovery="" rate="" for="" peptides="" from="" viral="" proteins,="" more="" stringent="" filtering="" criteria="" with="" msgf="" spectrum="" e="" value="" to="" be=""><1e-13 was="" applied.="" the="" false="" discovery="" rate="" was="" estimated="" to="" be="" nearly="" 0%="" based="" on="" the="" well-accepted="" target="" decoy="" searching="" strategy="" because="" no="" decoy="" hits="" were="" observed="" following="" this="" stringent="" cutoff.="" data="" are="" shown="" as="" percentages="" and="" mean="" ±="" sd.="" comparisons="" of="" different="" categories="" are="" done="" using="" anova="" and="" p="" values="" of=""><0.05 are="" considered="">

RESULTATER

Vår gruppe har tidligere publisert en detaljert analyse av biologisk relevante humane proteiner i disse urinprøvene samlet inn fra nyretransplanterte mottakere med forskjellige transplantasjonsskadefenotyper, som bekreftet av matchet nyretransplantasjonshistopatologi på biopsien, samlet inn samtidig med urinprøven; disse dataene er deponert i det proteomiske MassIVE-depotet (aksesjon MSV000079262) og i ProteomeXchange-depotet (tilgang PXD002761) (33). I denne studien fokuserte vi kun på identifisering og analyse av virale proteiner i samme kohort av nyretransplanterte pasienter, med inkludering også av alders- og kjønnsmatchede sunne kontrollurinprøver fra mennesker for å evaluere virale proteiner i både helse- og nyreskade . Det er viktig å merke seg at av de totale analyserte humane og virale proteinene i urin, utgjør virale proteiner alene<0.2% of="" the="" total="" identified="" proteins,="" highlighting="" the="" very="" low="" abundance="" of="" rather="" rare="" viral="" proteins="" in="" human="" urine,="" irrespective="" of="" the="" type="" of="" kidney="" injury,="" and="" irrespective="" of="" baseline="" immunosuppression="">

Resultatene presentert i denne artikkelen kommer fra viral peptidkartlegging, i motsetning til genomisk sekvensering av virale komponenter som rapportert av tidligere publikasjoner (19). Som en innledende analyse fokuserer vi på forekomsten av urinvirusproteiner som er spesifikke for hver nyretransplantasjonsfenotype av STA, AR, CAN og BKVN, og variasjonene notert over det sunne kontrollurinviromet. Urinvirusproteindata for hver prøve ble evaluert for prøvemengde i forhold til gjennomsnittlig nivå av det viruset i hele prøvepopulasjonen. Vi fant at i gjennomsnitt hadde 22 prosent (spredning 4–67 prosent) av nyretransplanterte pasienter forskjellige virale proteiner påvist i urinen, unntatt pasienter med BKVN, der påvisning av BK-virus i urin er å forvente, da disse pasientene har en infeksjon med BK-virus i urinveiene og i nyretransplantasjonen. Fordelingen av forskjellige virale proteiner i forskjellige tx-skadetilstander og normal helse er vist i prevalensvarmekartet (Figur 2). Totalt ble totalt 57 virale proteiner fra 37 unike virus identifisert, mange av disse var uventede og tidligere ikke beskrevet som "kommensaler" i human urin. Av disse unike virusene var 8 virus enkelttrådet RNA-virus, 1 virus var et enkelttrådet RNA-RT-virus, og 28 virus var dobbelttrådet DNA-virus (tabell 1). Av de 142 pasientene hadde alle pasientene minst ett viralt protein i urinen, med et gjennomsnitt på 10,23 ± 4,57 virale proteiner/prøve.

Prevalens av humane urinvirusproteiner

Den friske kontrollgruppen som ble undersøkt hadde 20 unike virale proteiner med et gruppegjennomsnitt på 13,67 ± 1,32 virale proteiner. Nyre-tx-pasienter med vedlikeholds-IS og stabil nyre-tx-funksjon hadde et statistisk signifikant lavere antall unike virus i gruppen (8,08 ± 2,78; p=7e-10) sammenlignet med den friske kohorten (normal nyre) funksjon og et normalt immunsystem), uten eksponering for IS. Ni nye virale proteiner påvises i stedet i STA-kohorten sammenlignet med friske kontroller, som tilhører følgende virus: Junin-virus, Cotesia congregata bracovirus, Agrotis segetum nucleopolyhedrovirus, Psittacid herpesvirus 1, Pseudocowpow-virus, Spodoptera frugiperda multiple nucleopolyhedrovirus, japansk virus Cowpea mottle virus, og Helicoverpa zea enkelt nucleopolyhedrovirus. Nyreskade etter tx (til tross for fortsatt IS-eksponering), resulterer i en samlet økning i antall unike virale proteiner i forhold til STA tx-kohorten, med en signifikant økning i urinvirusproteiner i CAN-pasientgruppen (11,46 ± 3,52; p {{ 16}}e-10), og BKVN-pasientgruppen (15,76 ± 5,65; p=13.7e-10). Repertoaret av urinvirusproteiner ser ut til å være ganske distinkt i forskjellige tx-skadekategorier (figur 3). Prevalensen av BKV virale proteiner i urin øker til 60–70 prosent i AR, 70–80 prosent hos pasienter i CAN og 100 prosent hos pasienter med BKVN (Figur 2), noe som understreker at økende forekomst av BK-viruset i urinen kan føre til fra utvidelse av IS, som sett i AR-kategorien, og med større tid etter tx, som sett i CAN-kategorien. BKVN-urinprøver viser maksimal divergens av urinvirusproteiner, som forventet. Fire virale proteiner som er konsekvent tilstede i alle andre prøver, inkludert normale friske kontroller (Kanarypox-virus, Tacaribe-virus, Simian-virus 12, Acidianus filamentous virus 8), er ikke lenger observert i BKVN-kohorten. Ettersom BKV er et DNA-virus, undersøkte vi om endringene i urinviromet i stor grad er relatert til fremveksten av nye DNA-virus i BKVN. Fem nye virale proteiner er kun notert i BKVN-kohorten (Ectropis obliqua nucleopolyhedrovirus, Fowl adenovirus D, Taura syndrome virus, Invertebrate iridescent virus 6, Gallid herpesvirus 2). 4/5 av BKVN-kohortvirus var dobbelttrådet DNA-virus (tabell 1).

Overfloden av humane urinvirusproteiner

Vi evaluerte deretter overfloden av forskjellige virale proteiner på tvers av alle tx-pasienter og HC-urinprøver. Blant de 37 unike virusene som ble undersøkt, var følgende virus de mest utbredte hos STA IS-pasienter (Acidianus filamentous virus 8, Agrotis segetum nucleopolyhedrovirus, BK polyomavirus, Canarypox virus, Cotesia congregata bracovirus, Cowpea mottle virus, Glossina pallidipes salivary gland, Simian virus 12, Tacaribe virus), og økt forekomst av Marsellavirus er sett i både CAN og BKVN. Til tross for intrarenal infeksjon med BKV-viruset hos BKVN-pasienter, observerer vi at lave nivåer av BK-viruset også oppdages i alle undersøkte tx-kategorier og friske kontroller, sannsynligvis ettersom BK-viruset er normal human urin kommensal, med persistens i det humane uroepithelium ved lave nivåer hos nesten alle undersøkte HC- og nyre-tx-pasienter er ikke uventet.

BEHANDLING AV NYRESYKDOM: CISTANCHE

DISKUSJON

En studie av mikrobiomets rolle i organtransplantasjon (13, 17, 34) tar hensyn til virkningen av matinntak, fordøyelse, metabolisme og modulering; dysbiose av mikrobiota på grunn av tx- og IS-medisinene er imidlertid en medvirkende faktor som reduserer i basislinjen dominerende mikrober og også resulterer i tap av total mangfold, og fremveksten av få nye dominerende mikrobielle populasjoner (35). Et veldig interessant funn fra denne studien er at bare 8 av de 37 virusene som er identifisert i dette datasettet er tidligere beskrevet hos mennesker, og mange av disse har også blitt beskrevet som patogene. Menneskelige infeksjoner har blitt beskrevet med noen av de identifiserte virusene, noe som tyder på at deres tilstedeværelse i urin kan være relatert til patogenesen av generell systemisk eller underliggende nyreskade. Juninvirus (et arenavirus) infeksjon kan resultere i klinisk human sykdom inkludert feber, så vel som en enhet kjent som argentinsk hemorragisk feber (36). Tacaribe-virus er et arenavirus som også kan forårsake feber og blødningssykdom hos mennesker (36). HHV-6-viruset er et svært utbredt virus hos barn og forårsaker feber, diaré og utslett (37). Rhinovirus er enkelttrådede RNA-virus som er det mest smittsomme stoffet hos mennesker og den mest sannsynlige synderen for forkjølelse (38). Acanthocystis overflate chlorellavirus 1 har vært hos 44 prosent av friske mennesker (39) og har kun blitt beskrevet i orofarynx og er ikke kjent for å være patogen for mennesker. Marseille-viruset er et nukleocytoplasmatisk stort DNA-virus som er beskrevet i blod og avføring hos pasienter med ikke-febril lymfadenopati (40).

SV40-viruset er et DNA-polyomavirus som sannsynligvis ble introdusert i den menneskelige populasjonen gjennom kontaminerte vaksiner (41), og infeksjon med dette viruset er ofte infisert med BK-virusinfeksjon, dette er et nesten invariant funn i tx-populasjonen. Nyere studier har også fremhevet rollen til kronisk SV40-infeksjon med kreft hos mennesker (42). Antistoffer mot T-antigenet til SV40 kryssreagerer med T-antigenene til BK- og JC-virus, som alle er i polyomavirusfamilien, og SV40-fargen brukes til diagnostisering av BK-virusinfeksjon i BKVN. BK-viruseksponering, i nyrene, sees hos 90 prosent av normalbefolkningen, og våre data tyder på at urinviromet har spor av BK-virusproteiner i alle de friske kontrollene som ble tatt prøver av.

BK-virusreplikasjon sees hos 10–60 prosent av nyre-tx-pasienter som har blitt beskrevet å avgi BK-virus i urinen, noe som bekreftes av våre data (Figur 2). BK-virus er latent i renale tubulære epitelceller og dets utbredelse er kjent for å øke immundysfunksjon og immunsuppresjonseksponering (43). I denne studien kunne vi ikke identifisere noen urinviromspesifikke forskjeller som kunne skille AR- og BKVN-gruppene, til tross for at disse tilstandene er immunologisk forskjellige og krever svært forskjellige behandlingstilnærminger, dvs. minimering av immunsuppresjon i BKVN og økt immunsuppresjon i AR. AR-kategorien ble bekreftet og det var en negativ SV40-flekk i boksvevet som ble undersøkt. Ikke desto mindre antyder disse dataene at påvisning av BKVN kan være underrapportert hos nyre-tx-pasienter, og histologiske endringer kan være usammenhengende, noe som resulterer i underdiagnostisering av BKVN-sykdom.

Av de resterende 19 virusene som ikke tidligere er beskrevet hos mennesker, har følgende blitt notert å brukes som pesticider/insektmidler (E. obliqua nucleopolyhedrovirus, Euproctis pseudoconpersa nucleopolyhedrovirus, Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus, H. zea single nucleopolyhedrovirus). Plantevernmidler i folkehelsebruk er ment å begrense potensialet for sykdommen, men de har vært kjent for å komme inn i menneskelig vev/kroppsvæsker hvis de ikke håndteres riktig, og at organiske dietter begrenser antall plantevernmidler i barns urin (44, 45) . Funnet av disse virale proteinene i menneskelige urinprøver reiser et spørsmål om miljøeksponering for disse tidligere uoppdagede, mulige forurensningene.

Funnet av 100 prosent forekomst av enkelte virus bare i den friske kontrollgruppen antyder at det er virale kommensaler som kan eksistere enten uten skade eller til og med antas å hjelpe til med immuntilpasning. Fylogenetisk treanalyse av disse virusene kan være interessant, siden noen virus som bakteriofager spiller en viktig rolle i helsen ved å fjerne patogene bakterier og bidra til å øke medfødt immunitet (16). En reduksjon i de beskyttende virusene eller fagene kan resultere i økt bakteriell spredning som sees i sammenheng med IS etter nyre-tx. Metagenomisk sekvensering av de nye virale artene funnet hos tx-pasienter under IS kan identifisere om IS-eksponering har endret resistensmønsteret eller resistomet til noen av virusene, spesielt de som er mer utsatt for å drive betennelse og immunitet (16). Sølv nanopartikkelbehandling har vist seg å redusere tarmvirus- og bakteriepopulasjoner som er pro-inflammatoriske (46). Mucinofile mikrobiomer kan være mer tilbøyelige til å gi ikke-verts beskyttende immunitet, og tap av eventuelle eosinofile virus/mikrober med IS kan også være en pådriver for den økte risikoen for blærebetennelse og urinveisinfeksjoner sett hos pasienter etter tx.

Mikrobiomet krysser med helsetilstander og sykdomstilstander. Den nye påvisningen av et stort antall virus brukt som plantevernmidler/insektmidler er et overraskende funn. Identifikasjon av virus som ikke forventes å være tilstede i urinen peker på en mulighet for deres opprinnelse for å komme inn i kroppens systemer gjennom inntak (forurensning av mat, vann eller andre drikker som melk) eller kutan absorpsjon (f.eks. feil håndvask). Faktisk, i henhold til føderal lov, er en liten rest av plantevernmidler/insektmiddelforurensning av menneskelig mat anerkjent og akseptert (41, 47), selv om ingen til dags dato har undersøkt deres tilstedeværelse i urin. Det er også mulig at disse virusene koloniserer eller invaderer urinveiene ved stigende infeksjon, spesielt i sammenheng med IS hos en nyre-tx-pasient, hvor det er nedsatt vertsimmunforsvar.

Ytterligere validering av disse resultatene ved evaluering av det humane viromrepertoaret i forskjellige geografiske og demografiske kohorter av pasienter med forskjellige årsaker til nyreskade vil bedre identifisere om det spesielle repertoaret av virale proteiner observert i denne studien er spesifikt for en pasient, deres geografi, deres demografi, eller undertypen nyresykdom. Ytterligere valideringsstudier med urinvirus-PCR-analyser kan gi rask vurdering av den kliniske effekten av disse virusene i andre nyreskadekohorter. Interessant nok observerte vi ingen fager i repertoaret av identifiserte virale peptider. Dette tilskrives metodikken som brukes for peptidfremstilling fra urinsupernatant, som ikke fanger opp bakterier (som blir pelletert ut), verten for fagvirus (48). Viromerapporten basert på DNA-sekvensanalyse identifiserte heller ikke fager i den publiserte rapporten (19). Urinviromstudien som brukte renset bakteriofagisolering ved bruk av cesiumkloridtetthetsgradient har rapportert identifisering av fager (20). Disse artiklene støtter alle at metodikken for prøveprep påvirker de endelige funnene.

Kolonisering, resistens og mikrobiell økologi er beskrevet og godt studert i sammenheng med mikrobielle infeksjoner (49), og det er vist at antibiotikabehandling (i forbindelse med behandling av infeksjoner hos dyrene som danner matprodukter eller som en del av antiviral profylakse for tx-pasienter i de første 3–6 månedene etter tx) eliminerer mange kommensale bakterie- og virusarter fra tarmen og andre kroppsvæsker og reduserer antimikrobielt forsvar (50). Kolonisering av mikrobiota tidlig i livet former immunsystemet og skaper et mulighetsvindu for en homeostatisk tilstand, som hvis den forstyrres, i sammenheng med tx og IS, kan bidra til betennelse. Presisjonsmedisinske tilnærminger i fremtiden vil kanskje tilpasse terapi fra en "mikrobiotasentrert" og "vertssentrert" tilnærming til presisjonsmedisin. Inntil nylig har vi ikke gitt mye oppmerksomhet til matmikrobiomet og forståelsen av at mange nye infeksjoner kan overføres av mat. Nåværende innsats for å utvikle et metagenomsporingsverktøy som vil evaluere virkningen av forskjellige infeksjoner – bakterielle, virus- og soppinfeksjoner og deres fingeravtrykk i sammenheng med maten vi spiser, som kan være påvirket av omgivelsestemperatur, årsak til dårlig overlevelse hos dyrekohorter, og landbrukspraksis inkludert jordbehandling (metylbromidbehandling av jord som plantevernmiddel resulterer i en enorm økning i Bacillus-arter), vannkilder [ulike mikrobielle belastninger i dam kontra brønnvann (51)], genetikk til matplantekultivaren som kan resultere i endret planteforsvar mot mikrober, planter og plantevernmidler (51). Virale og bakterielle lipoproteiner kan være ansvarlige for immunmodulerende egenskaper, og nyere studier antyder også en rolle for interaksjonen av medfødt immunitet for å regulere mikrobiom-diversitet og kontrollere infeksjon, av spesifikke cellelinjer som slimhinneinvariante T-celler (MAIT-celler). Derfor vil ytterligere studier som fokuserer på årsaken til mikrobiell mangfold av menneskelig vev og dets innvirkning på betennelse og immunresponser være avgjørende å gjennomføre som en del av fremtidig forskning.

BEHANDLING AV NYRESYKDOM: CISTANCHE

ETISK ERKLÆRING

Alle studieprøvene ble samlet inn fra pediatriske og unge voksne mottakere transplantert mellom årene 2000 og 2011 ved Lucile Packard Children's Hospital ved Stanford University. Studien ble godkjent av etikkkomiteene ved Stanford University Medical School og UCSF Medical Center. Alle voksne pasienter og foreldre/foresatte til ikke-voksne pasienter ga skriftlig informert samtykke til å delta i forskningen, i full overholdelse av Helsinki-erklæringen.

FORFATTERBIDRAG

MS og TS deltok i utformingen av studien; SN, TS, NM og MS deltok i skrivingen av artikkelen og tolkningen av resultatene; NM utførte de statistiske analysene og evaluering av resultater; CN, KB-J og W-JQ genererte og behandlet rådataene.

FINANSIERING

Vi erkjenner støtte fra University of California San Francisco. Forfatterne anerkjenner finansieringsstøtten fra NIDDK R01DK083447 (til MS), DP3 DK110844 (W-JQ) og P41 GM103493 (W-JQ).

BEHANDLING AV NYRESYKDOM: CISTANCHE

REFERANSE

1. Potgieter M, Bester J, Kell DB, Pretorius E. Det sovende blodmikrobiomet ved kroniske, inflammatoriske sykdommer.FEMS Microbiol Rev(2015) 39(4):567–91. doi:10.1093/female/fuv013

2. Zhang Y, Zhao F, Deng Y, Zhao Y, Ren H. Metagenomisk og metabolomisk analyse av de toksiske effektene av tri-kloracetamid-indusert tarmmikrobiomet og urinmetabolomforstyrrelser hos mus.J Proteome Res(2015) 14(4):1752–61. doi:10.1021/pr5011263

3. Lewis DA, Brown R, Williams J, White P, Jacobson SK, Marchesi JR, et al. Det menneskelige urinmikrobiomet; bakteriell DNA i tømt urin fra asymptomatiske voksne.Front Celle Infisere Microbiol(2013) 3:41. doi:10.3389/fcimb.2013.00041

4. Fouts DE, Pieper R, Szpakowski S, Pohl H, Knoblach S, Suh MJ, et al. Integrert neste generasjons sekvensering av 16S rDNA og metaproteomikk skiller det sunne urinmikrobiomet fra asymptomatisk bakteriuri i nevropatisk blære assosiert med ryggmargsskade.J Overs Med(2012) 10:174. doi:10.1186/1479-5876-10-174

5. Lim Y, Totsika M, Morrison M, Punyadeera C. Spyttmikrobiomets profiler påvirkes minimalt av innsamlingsmetoder eller DNA-ekstraksjonsprotokoller.Sci Rep(2017) 7(1):8523. doi:10.1038/s41598-017-07885-3

6. Nasidze I, Quinque D, Li J, Li M, Tang K, Stoneking M. Sammenlignende analyse av menneskelig spyttmikrobiom-mangfold ved strekkodet pyrosekvensering og kloning.Anal Biochem(2009) 391(1):64–8. doi:10.1016/j.ab.2009.04.034

7. Wang Y, Kasper LH. Mikrobiomets rolle ved forstyrrelser i sentralnervesystemet.Hjerne Oppførsel Immun(2014) 38:1–12. doi:10.1016/j.bbi.2013.12.015

8. Lee SH, Sung JY, Yong D, Chun J, Kim SY, Song JH, et al. Karakterisering av mikrobiomet i bronkoalveolær skyllevæske hos pasienter med lungekreft sammenlignet med godartede masselignende lesjoner.Lunge Kreft(2016) 102:89–95. doi:10.1016/j.lungcan.2016.10.016

9. Twigg HL III, Morris A, Ghedin E, Curtis JL, Huffnagle GB, Crothers K, et al. Bruk av bronkoalveolær lavage for å vurdere respirasjonsmikrobiomet: signal i støyen.Lancet Respir Med(2013) 1(5):354–6. doi:10.1016/S2213-2600 (13)70117-6

10. Human Microbiome Project Consortium. Et rammeverk for forskning på menneskelig mikrobiom.Natur(2012) 486(7402):215–21. doi:10.1038/nature11209

11. Kroemer A, Elsabbagh AM, Matsumoto CS, Zasloff M, Fishbein TM. Mikrobiomet og dets implikasjoner ved tarmtransplantasjon.Curr Opin Organ Transplantasjon(2016) 21(2):135–9. doi:10.1097/MOT.00000000000000278

12. Weber D, Oefner PJ, Hiergeist A, Koestler J, Gessner A, Weber M, et al. Lave urinindoksylsulfatnivåer tidlig etter transplantasjon reflekterer et forstyrret mikrobiom og er assosiert med dårlig resultat.Blod(2015) 126(14):1723–8. doi:10.1182/blod-2015-04-638858

13. Vindigni SM, Surawicz CM. Tarmmikrobiomet: en klinisk signifikant aktør innen transplantasjon?Ekspert Rev Clin Immunol(2015) 11(7):781–3. doi:10.158 6/1744666X.2015.1043894

14. Becker J, Poroyko V, Bhorade S. Lungemikrobiomet etter lungetransplantasjon.Ekspert Rev Respir Med(2014) 8(2):221–31. doi:10.1586/17476348.20 14.890518

15. Hartman AL, Lough DM, Barupal DK, Fiehn O, Fishbein T, Zasloff M, et al. Menneskets tarmmikrobiom inntar en alternativ tilstand etter tynntarmstransplantasjon.Proc Natl Acad Sci U S A(2009) 106(40):17187–92. doi:10.1073/pnas.0904847106

16. Rani A, Ranjan R, McGee HS, Andropolis KE, Panchal DV, Hajjiri Z, et al. Urinmikrobiom hos nyretransplanterte pasienter avslører dysbiose med potensial for antibiotikaresistens.Overs Res(2017) 181:59–70. doi:10.1016/j. trsl.2016.08.008

17. Fricke WF, Maddox C, Song Y, Bromberg JS. Karakterisering av menneskelig mikrobiota i løpet av nyretransplantasjon.Er J Transplantasjon(2014) 14(2):416–27. doi:10.1111/ajt.12588

18. Lee JR, Muthukumar T, Dadhania D, Toussaint NC, Ling L, Pamer E, et al. Tarmmikrobielle samfunnsstruktur og komplikasjoner etter nyretransplantasjon: en pilotstudie.Transplantasjon(2014) 98(7):697–705. doi:10.1097/ TP.00000000000000370

19. Rani A, Ranjan R, McGee HS, Metwally A, Hajjiri Z, Brennan DC, et al. Et mangfoldig virom hos nyretransplanterte pasienter inneholder flere virale undertyper med distinkte polymorfismer.Sci Rep(2016) 6:33327. doi:10.1038/srep33327

20. Santiago-Rodriguez TM, Ly M, Bonilla N, Pride DT. Det menneskelige urinviromet er assosiert med urinveisinfeksjoner.Front Microbiol(2015) 6:14. doi:10.3389/fmicb.2015.00014